Le programme Loire nature est financé par l’Etat, L’Etablissement Public Loire, l’Agence de l’Eau Loire Bretagne et les collectivités territoriales des 8 régions concernées.

Le programme Loire nature est conduit au niveau transversal par la Fédération des conservatoires d’espaces naturels, le WWF-France, la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO) et la LPO Auvergne. Au niveau régional 7 Conservatoires d’Espaces Naturels, le WWF-France, 6 délégations de la LPO, l’Office nationale de la chasse et la faune sauvage et la FRAPNA Loire mettent en œuvre le programme.