La mobilisation des opérateurs dans le domaine de la connaissance des sites est importante : une bonne connaissance est en effet un préalable indispensable à toute bonne gestion. De nombreuses études sont ainsi réalisées sur les sites : les milieux sont décrits précisément, la végétation est cartographiée, les espèces animales et végétales sont inventoriées, les principales caractéristiques physiques telles que la nature du sol ou l’inondabilité sont identifiées. Ces études permettent de disposer d’un état initial de la qualité et du fonctionnement des sites, mais également d’un diagnostic permettant de fixer des orientations en matière de gestion. L’ensemble de ces informations permet de rédiger, sur chaque site, un plan de gestion fixant les objectifs à atteindre à plus ou moins long terme et un calendrier des interventions à mettre en œuvre pour répondre à ces objectifs.

Parallèlement, des suivis sont assurés pour connaître la manière dont évoluent les milieux et les populations de certaines espèces au cours du temps, notamment en réponse à la gestion mise en œuvre. Relevés de végétation, dénombrement des territoires des oiseaux nicheurs, inventaires des Amphibiens ou des Odonates, mesure des fluctuations de la nappe alluviale ou des taux d’érosion de berges... permettent de disposer d’un ensemble d’indicateurs pour évaluer la pertinence des choix de gestion et les réorienter le cas échéant. Ces suivis scientifiques font appel à des protocoles normalisés dans le cadre de la mission scientifique du programme de manière à pouvoir comparer et valoriser à l’échelle du bassin les données issues des différents sites.